关于行政机关的行政行为程序瑕疵，根据原《行政诉讼法》，人民法院不作被告败诉处理。2015年5月开始实施的新《行政诉讼法》增加了一种判决类型，即被告的具体行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的，判决确认违法。新法实施至今，渝北法院共审结行政诉讼案件710件，判决被告败诉的案件50件，其中，因行政行为程序瑕疵被确认违法的5件，因程序瑕疵被告改变行政行为、原告撤诉的案件3件。该类败诉情形已占行政机关败诉案件总数的10%，且比重有继续上升趋势。该院分析认为，相较以往，当前已作为败诉案件处理的程序瑕疵问题应引起行政机关重视。主要表现为以下四种情形。
一是作出行政行为超过法定期限。为确保行政执法的效率，每类单行法均规定了行政机关作出行政行为的期限。如工伤认定期限为60日、行政许可期限为20日、政府信息公开决定为15个工作日等。部分行政机关在行政执法过程中，未高度重视、严格把握期限限制，导致行政行为的作出逾期，而被判决败诉。
二是送达行政行为超过法定期限。送达是行政主体将行政决定告知行政相对人并使之受领的法律行为，该程序关涉行政意志是否及时明示于行政相对人，并确保行政意志的实现或相对人权益的维护。故送达是行政程序合法与否的重要评判。部分行政机关作出行政决定后，未在法定期限内送达，或上级行政机关作出行政决定后委托下级机关送达，下级机关在转送达过程中超期，导致败诉。
三是行政程序延期或中止文书未依法送达导致超期。行政机关在履职过程中，如遇重大复杂或其他法定情形，不能如期办结的，可在审批后延期或中止行政程序，但应将延期或中止理由告知相对人。部分行政机关延期或中止行政程序后，未依法送达延期或中止文书，致使行政程序超过法定期限。因行政机关未依法履行延期、中止的告知义务，延期或中止情形不被法院认可，导致败诉。
四是行政行为未引用具体条款。准确引用依据有助于相对人理解与接受行政行为的内容，促使行政机关周全考虑适用依据的正确性，方便法院审理法律适用是否合法妥当，故行政行为作出时原则上都应当尽到具体条款援引义务。部分行政机关作出行政行为时未引用具体法律条款，但在诉讼中能证明该行政行为符合法律的具体规定，原则上法院从行政成本和诉讼经济考虑，不撤销该行政行为，但为促进依 法行政，仍需对该行政行为予以否定性判决。
针对上述情形，为进一步适应新法，增强行政执法的程序意识，提高执法能力，渝北法院提出三点建议。一是建立案件登记及期限提醒制度。一方面，建立案件登记台账，做到每案必录、每录必细，包括案件承办人、相对人名称、申请事项、收悉申请时间等信息。对符合受理条件并已受理的案件，备注到期时间，对临近期限的案件，及时处理，逐步实现案件规范化、精细化管理。另一方面，实行案件期限提醒和催办制度。有条件的行政机关可专设案件管理人员，由其统管案件，并通过查看案件台账及时提醒承办人注意办理期限，检查延期或中止情形，确保程序不逾期。二是完善行政文书校核制度。全面正确引用法条是保证行政行为整体性合法的前提要件，在司法审查日益严格的趋势下，为避免败诉，对此应高度关注。对因疏忽未引用或错误引用法条的情形，可加强文书校核工作，如配备专门的校核人员或设置多道校核程序，及时准确纠正错误，减少因疏忽带来的行政瑕疵。三是增强行政执法程序意识。在行政执法过程中充分贯彻“实体和程序并重”的原则，在追求实体正确的同时，牢固树立程序合法依规的意识。有条件的行政机关针对经常性、重复性的行政活动，可以尝试建立规范化、程式化的操作流程。进一步规范行政执法程序，统一标准，固定期限，让行政行为可操作、有序实施，通过程序透明公正来提升行政行为的公信力。